Pondok Pesantren Al-Djazuli Pliken bisa disebut sebagai salah satu pondok pesantren tertua di Banyumas. Pondok pesantren ini didirikan bersamaan-beriringan dengan Masjid Al-Djazuli Pliken oleh Syekh K.H. Hasan Djazuli (1875-1938) pada kisaran tahun 1915-1925. Saat itu, tentu namanya bukan Pondok Pesantren Al-Djazuli. Penyertaan nama Al-Djazuli dalam nama pesantren ini dilakukan oleh generasi setelah beliau.
Syekh K.H. Hasan Djazuli sendiri adalah satu dari sedikit ulama’ Banyumas akhir abad 19-awal abad 20 yang memiliki sanad keilmuan dengan salah satu pesantren tertua di Jawa yang berlokasi di Semarang yang tercatat banyak melahirkan ulama’-ulama’ nusantara berkaliber internasional. Pesantren tersebut adalah Pondok Pesantren Dondong (didirikan pada tahun 1609 oleh Kiai Syafii Pijoro Negoro) di bawah asuhan Syekh K.H. Abdullah Buiqin, dan Pondok Pesantren Darat yang didirikan dan diampu oleh Syekh K.H. Sholeh Darat (populer dengan sebutan Mbah Sholeh Darat, guru dari K.H. Hasyim Asy’ari pendiri NU dan K.H. Ahmad Dahlan pendiri Muhammadiyah, serta banyak ulama besar nusantara lainnya, termasuk R.A. Kartini). Syekh K.H. Hasan Djazuli juga salah satu dari enam mursyid Thariqah Syadziliyyah awal di Indonesia melalui jalur guru mursyid Syekh Ahmad Nahrowiy Muhtarom Al-Banyumasi Al-Makki.
Menurut penuturan cucu-cucu beliau dari jalur KH. Thaha Salimi, yang bersumber dari orang tua beliau dan kesaksian beberapa dari mereka saat masih berusia belia, bahwa ada seratusan santri yang nyantri di Pesantren Pliken pada waktu itu. Namun, karena pesantren ini juga digunakan sebagai salah satu pusat pergerakan perjuangan kemerdekaan di Banyumas, maka pesantren ini dibakar oleh Belanda. Bangunan pondokan yang menjadi asrama para santri pun terbakar habis, termasuk banyak dari kitab-kitab Mbah Djazuli yang disimpan di pondok. Akhirnya, karena tidak ada asrama untuk dijadikan tempat tinggal santri, mereka yang dari jauh pulang, sementara yang tidak jauh masih tetap ngaji dengan tinggal di rumah mereka masing-masing. Kegiatan kepesantrenan dilangsungkan di masjid di dalam komplek area pesantren yang masih ada hingga saat ini.
Adapun yang tersisa akibat dari peristiwa pembakaran tersebut adalah masjid yang didirikan Syekh Hasan Djazuli beserta rumah tempat tinggal beliau dan beberapa kitab manuskrip beliau (kitab tafsir, naskah khutbah, naskah fiqih munakahah, dan catatan ushul). Ada beberapa karya tulis yang selamat dari tragedi tersebut yang selanjutnya disimpan di rumah cucu beliau, namun rumah tersebut mengalami kebakaran pada tahun 1998. Oleh karena itu, hanya sedikit naskah tulis tangan beliau yang bisa kita jumpai saat ini.
Paska beliau, kepengasuhan pesantren, amalan thariqah dan masjid dilanjutkan oleh anak laki-laki pertama beliau, yaitu KH. Thoha Salimi, dan selanjutnya dilanjutkan oleh cucu beliau Kiai Ahmad Zamzuri (anak laki-laki pertama dari 12 anak dari KH. Thoha Salimi, dan anak nomor 2 berdasarkan urutan 12 anak beliau), berikutnya dilanjutkan oleh Kiai Achmad Saifuddin Thoha (anak ke 7 dari KH. Thoha Salimi) yang merupakan suami dari Nyai Inarotul Hamadah (putri dari Kiai Hasyim Suyuthi Ponpes Leler Randegan Banyumas). Singkat kisah, sampai dengan tahun 1987-an, masih ada 3 kamar santri yang masih bisa difungsikan. Setelah itu, karena asrama santri yang ada sudah tidak layak huni, akhirnya tidak ada santri mukim. Kegiatan-kegiatan di ponpes Al-Djazuli dari sejak itu hingga 2020, umumnya merupakan lanjutan dari kegiatan-kegiatan yang diinisiasi dan dilanggengkan oleh pendiri awalnya, yaitu Syekh K.H. Hasan Djazuli, yaitu Ngaji Kitab Kuning, Tahfidz Al-Qur’an, ‘Ataqoh Kubro, Manaqiban dan Amalan Thoriqoh.
Saat ini, tepatnya sejak tahun 2020, setelah melalui mufakat keluarga besar Bani Syekh K.H. Hasan Djazuli, institusi pendidikan dan sosial keagamaan ini pun melakukan pembenahan secara kelembagaan, mulai dari pengurusan legal formal badan hukum yang memayungi pondok pesantren dalam bentuk Yayasan Hasan Djazuli Banyumas, hingga pewaqafan seluruh area pesantren kepada yayasan tersebut. Sejak itu, di bawah kepemimpinan dan kepengasuhan Kiai Dr. Mohamad Sobirin Sahal (Gus Birin) dan Nyai Dr. Karimatul Khasanah (Ning Rima), yang merupakan cicit dari Syekh K.H. Hasan Djazuli dari jalur K.H. Thoha Salimi, bangunan pondokan santri direstorasi dan dibangun sehingga mampu menampung santri muqim secara layak dan bisa menyelenggarakan kegiatan ta’lim secara efektif. Sejak itu pula, atas inisiasi keduanya dan dukungan dari keluarga, pondok pesantren ini hidup kembali, berkembang lebih baik, dan diharapkan bisa langgeng semakin maju hingga hari akhir. Amin.